El IIS Puerta de Hierro se concibe como un lugar de investigación multidisciplinar y traslacional orientada a la investigación básica, clínica, epidemiológica y en servicios de salud para abordar de una manera conjunta diferentes proyectos científicos y de investigación, aprovechando al máximo los recursos tanto humanos como técnicos destinados a la investigación, así como promover la captación de fondos de investigación.

La creación del Instituto es fruto de la relación de muchos años entre el Hospital Universitario Puerta de Hierro, la Fundación para la Investigación de Puerta de Hierro (en adelante FIBHUPHM) la Universidad Autónoma de Madrid y la Dirección General de Investigación, Formación e Infraestructuras Sanitarias (asume las competencias de la extinta Agencia de Formación, Investigación y Estudios Sanitarios "Pedro Laín Entralgo" en virtud del decreto 112/2012, de 11 de octubre), de los cuales el núcleo básico del instituto es el Hospital Universitario Puerta de Hierro Majadahonda, en adelante HUPHM y el órgano encargado de llevar a cabo la gestión de los recursos y
realizar la captación de los fondos de investigación es la Fundación de Investigación Biomédica del Hospital Universitario Puerta de Hierro.